因特网上分子生物学的免费软件
发信人: pkuyx (未名湖的鱼钩), 信区: Bioinformatics
标 题: 因特网上分子生物学的免费软件
发信站: 北大未名站 (2002年04月12日08:55:29 星期五), 转信
因特网上分子生物学的免费软件
谈杰
关键词：免费软件；分子生物学；因特网
中图分类号：G 250.73 文献标识码：E
对研究分子生物学的人来说，因特网是一个大宝藏。因特网上有大量的分子生物学
免费软件与各种蛋白质、核酸和酶的数据库，应用它们，可以极大地推动我们的研究工
作。
因特网上的免费工具软件有在线与离线两种形式。对于在线工具软件，只要通过浏
览器，输入一定的信息，便可得到相应结果，例如二级序列分析、PCR引物设计等信息。
而离线工具软件，只要下载了这个软件，便可在本地电脑上使用。当你在互联网上找到
了一个免费工具软件时，第一个应注意的便是此工具软件的操作平台。在国外，大约50%
的分子生物学家使用苹果机（Macintosh），10%使用Unix系统，因此，基于这两个平台
的免费软件在网上很多。而我国绝大多数分子生物学家使用PC机与Windows操作系统。本
文介绍的均为基于Windows的离线分子生物学免费工具软件。
免费软件往往是由个人或一个小集体开发的，其目的大多是为自己的工作方便。作
者们不计较个人利益，将自己精心开发的软件放在Internet上，供全世界同行下载使用
。与商业软件不同，大多数免费软件的帮助文件都非常简单，而且作者没有时间与义务
回答用户的询问，用户只有靠自己慢慢摸索使用。另外，软件并未经过严格测试，常常
含有一些小的错误与漏洞，软件界的术语叫作“bug”，作者不对这些bug造成的危害负
责，用户则有义务将发现的bug通知原作者，以使在下一个版本中改正。
1. 生物分子三维结构观察与演示软件
1.1 RasMol RasMol是一个非常有名的软件，用来显示蛋白质、核酸以及小分子
的三维立体结构。它可以用各种不同的显示模式与颜色模式显示生物大分子，还可以在
三维下旋转、展示生物分子，对教学、展示与论文教材撰写有很大帮助。最新的版本为2
.7。其下载站点为：http://www.umass.edu/microbio/rasmol/。目前，该Windows版本
包括帮助文件已经被Hoyoyo汉化，这也可能是第一个被汉化的分子生物学工具软件，操
作界面与帮助文件均为中文，用户使用将非常亲切。汉化后的RasMol 2.7下载站点为：h
oyoyo生化软件下载专区(http://www.nease.net/～hoyoyo/www/bcmsoft.htm)。在我的
站点提供了下载链接：免费生物化学软件天地（http://biosoft.yeah.net），并附简单
中文使用说明。
1.2 CHIME CHIME 是IE与NetScape浏览器插件。安装该软件后,可以直接用浏览
器观看PDB格式的生物分子文件，直接在浏览器中观看3D分子，进行显示模式与颜色模式
更改、旋转等操作。不需RASMOL,对网上浏览非常方便。最新版本为2.0。下载站点与Ras
Mol相同。
1.3 MolMol MolMol是另一个显示蛋白质、核酸三维结构的软件，通过其微调功
能，调节3维效果，如阴影、打光、反射等，可以生成非常漂亮的三维图形，应用于论文
与教材让人赏心悦目。有完整的说明和教学文件，教你如何使用。站点为：http://www.
mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/ ，最新版本号为2.5.1。
2. 质粒作图
2.1 Plasmid Processor 很有名的免费绘制质粒图软件，可以绘制线性或环形D
NA。用户定义限制位点、基因段与多克隆位点，还可插入或删除DNA片段，支持剪贴板与
打印、存盘功能。下载站点：http://www.uku.fi/～kiviraum/plasmid/plasmid.html。
2.2 WinPlas 用来绘制发表质量的质粒图，可用于论文、教材。其特性包括：
知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图、可读入各种流行序列格式文件引入序列信息
、自动识别限制位点、构建序列结构、位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、
线性或环形序列绘制等。版本号2.5，可免费下载其演示版，不能存盘，不能拷贝，不能
打印，但可在绘制好质粒图后，用Print Scrn键复制屏幕，粘贴到画笔选取绘制好的质
粒部分，再粘贴到Word，便可使用。下载站点：免费生物化学软件天地(http://biosoft
.yeah.net)。
3. 蛋白质分析
3.1 AnTheProt AnTheProt包括了蛋白质研究领域的大多数内容，功能非常强大
。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白质序列分析与特性预测,包括：进行
蛋白质序列二级结构预测；在蛋白质序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制
出蛋白质序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白质序列数据库中查找类似序
列；计算蛋白质序列分子量、比容与各蛋白质残基百分组成；计算蛋白质序列滴定曲线
与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计
算信号肽潜在的断裂位点等许多功能。它是蛋白质研究人员必备的工具软件。最新版本
号为4.3c，网址为：http: //www.ibcp.fr。
4. DNA分析
4.1 DNATool DNATool是一个功能很全面的DNA序列分析工具，它不是免费软件
而是共享软件，允许你免费使用3个月，3个月后便拒绝运行，除非你交钱注册。其功能
有：序列编辑与类似序列查找、建立自己的序列数据库进行查找、多序列比较、序列翻
译、蛋白质序列分析、引物设计与分析、基因表达序列分析（SAGE）功能等，还包括DNA
分析常用的功能，如碱基百分组成、分子量计算等。超期后，将计算机时钟调回3个月内
，仍能继续使用。最新版本为5..1.570，下载网址：http://www.crc.dk/phys/A01B04_d
natools.htm。
4.2 DNA Club 一个中国留美学生所编写的DNA分析软件，功能包括：序列编辑
、查找、PCR引物设计、引物评估、限制酶分析等功能，操作界面友好方便，最新版本：
1.5，下载站点为：http://128.84.203.244。
4.3 ANNHYB 用来设计PCR引物与设计基因探针，对短DNA序列，它可生成互补序
列、预测融点温度、计算GC百分含量、计算分子量、计算摩尔消光系数等。是一个有用
而方便的小工具。目前版本：2.21，下载站点：http://pcgen018.molinette.unito.it/
programs/ 。
4.4 RESTRICTION ANALYSIS RESTRICTION ANALYSIS用来获得限制酶消化结果。
用户定义需消化的序列以及在限制酶数据库中指定所用的限制酶，程序便输出消化的结
果。目前的版本为Beta版，下载地址：http://pcgen018.molinette.unito.it/programs
/。
4.5 JaMBW Java语言是一个跨操作平台的语言，只要这个系统有支持Java语言
的环境即可。在Windows环境下，IE与Netscape 浏览器均支持Java 语言，所以用Java语
言编写的分子生物学软件包JaMBW便是在浏览器下工作的。JaMBW包含了分子生物学研究
常用的一些操作：序列格式转换、求序列的互补序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白质
序列、序列分析、多序列比较、特征位点查找、三维分子结构查看、PCR引物设计、缓冲
液设计等功能，最新版本号为1.1，下载站点：http://www.embl-heidelberg.de/JaMBW/
main.html。
4.6 pDRAW pDRAW也是一个DNA分析工具。它包括DNA序列输入与分析、限制酶消
化分析以及环形与线性DNA图形输出等许多功能。作者已经将许多选择设计成选项，只须
你选择即可，非常方便。最新版本号：1.0.33，下载网址：http://www2.crosswinds.ne
t/～acaclone/。
5. RNA分析
5.1 RNA Draw 最新版本号为1.1b2，RNA二级结构分析软件,对RNA一级序列进行
二级结构分析作图,最有意思的是大部分功能集中在鼠标右键。下载站点为：http://man
go.mef.ki.se/～ole/rnadraw/rnadraw.html。目前已经有汉化版，下载网址：hoyoyo生
化软件下载专区(http://www.nease.net/～hoyoyo/www/bcmsoft.htm)。在我的站点提供
了汉化版下载链接：免费生物化学软件天地（http://biosoft.yeah.net）。
5.2 RNAstructure 输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定
算法,预测出其二级结构图，并将图形输出到窗口，得到漂亮的二级结构图形。是非常出
色的一个程序。最新版本：3.2.1，下载站点：http://rna.chem.rochester.edu/RNAstr
ucture.html。
6. 序列编辑分析与格式转换
6.1 SeqPup SeqPup是生物分子序列编辑与分析软件。功能包括多序列比较、单
序列编辑、各种序列格式文件读取与将序列输入到不同的序列格式文件、序列整理打印
（可加框与阴影，加标记等）、序列编辑、互补序列、DNA翻译到蛋白质序列或蛋白质序
列翻译到DNA。它还可以外挂其它分析软件，例如ClustalW等，可自己定义外观应用软件
。目前的版本为0.8,用Java语言写成，需要Java运行环境，在http://www.javasoft.com
/products/jdk/1.1/jre/download-jre-windows.html下载Java运行环境。 SeqPup的站
点为：http://iubio.bio.indiana.edu/IUBio-Software+Data/molbio/seqpup/java/seq
pup-doc.html。
6.2 ForCon 蛋白质与核酸序列格式并无统一标准，不同的数据库与不同的程序
又定义了不同的格式，因此，序列格式转换程序悄然出现，ForCon 1.0便是一个出色代
表。它是一个核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件，可双向转换各种常见的多序
列格式文件。ForCon 1.0支持连续序列形式与隔行序列形式，也可互相转换。下载站点
为：
http://bioc-www.uia.ac.be/u/jraes/。
6.3 SeqVerter SeqVerter也是一个序列格式转换软件，它可以同时打开多个序
列文件、查看序列、选择序列的一部分进行格式转换、将来自不同文件的序列并入一个
多序列文件以及将序列从一个多序列文件中分成不同单序列文件。最新版本号为1.3，下
载网站：http://www.genestudio.com。
7. 多序列比较
7.1 Clustal W Clustal W用来对核酸与蛋白质序列进行多序列比较（multiple
sequence alignment）。在ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW 提供下载，
目前的版本为1.8。在ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/提供了Clustal X
，为Clustal W的窗口式使用界面，方便大家的使用操作，最新版本为1.8。下载时应注
意，它含有多种操作系统的版本，不要弄错。在http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioIn
fo/ClustalW/有一个在线使用手册，在使用过程中有什么问题，可以在此获得帮助。
7.2 MACAW 通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白质序列与DNA序列数据，这
些片段常常有类似的分子结构与生物特性。但是，用人工的方法不可能完成如此大量的
比较工作。运用统计学方法，利用一定的运算规则，使用计算机来查找这些片段是唯一
的方法。MACAW 2.05正是这样一个程序。下载站点：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/maca
w/。
7.3 GeneDoc GeneDoc帮助研究人员进行多序列比较，并可以以各种方式标记序
列，生成发表质量的输出报告。GeneDoc还能进行相关的分析，让你对研究的序列了解更
多。最新版本号：2.0.1,下载站点：http://www.cris.com/～ketchup/genedoc.shtml
8. 进化树生成与分析
8.1 PHYLIP PHYLIP用来进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白质序列、限制
酶位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。目前的版本为3..
572。网站地址为： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html 。
8.2 TreeView Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与
PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。最新版本为：1.5,下载站
点为：http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 。
9. 同源序列检索
9.1 FASTA FASTA将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序列
并输出，在Internet上有许多的在线FASTA查找服务，也可下载后离线使用。版本号：3.
2t05。下载站点：ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/dos/
9.2 BLAST 在一个庞大的数据库中查找某一个序列的同源性序列，没有BLAST的
帮助可以说无法想象。目前在Internet网上有许多在线的Blast查找程序，专门用于查找
各大数据库中与用户提交的序列同源的序列。分成5个不同的程序，分别为：blastp(提
交蛋白质序列，在蛋白质序列数据库中查序列)、blastn(提交核酸序列，在核酸序列数
据库中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白质序列数据库中查找同源序列)、t
blastn (提交蛋白质序列，在核酸序列数据库中查找同源序列)、tblastx(提交核酸序列
，在核酸序列数据库中查找同源序列)。通常通过在线方式或Email方式提交查询序列，
得到查询结果。如果需要在本地使用的话，可以下载BLAST程序与相应数据库，便能在本
地使用了。网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/。下载网址：ftp://ncbi.nlm.
nih.gov/blast/executables。注意有应用于不同操作平台的好几个版本，最新版本号为
2.0。
9.3 Octopus Octopus是用来分析BLAST与FASTA输出结果的程序，是BLAST与FAS
TA的补充程序，可以进行相关的各种分析。下载网址：http://www.lmcp.jussieu.fr/～
durand/HtmlDoc/software/octopus/octo-main.html。
9.4 FASTA/BLAST Scan FASTA/BLAST Scan是一个补充程序，用来对FASTA与BLAST
查询输出的文件进行处理，并以Pearson 格式输出序列文件，便于使用其它分析软件分
析检索出的序列。是一个很好的小帮手。版本号：3.5，下载网址：http://pcgen018.mo
linette.unito.it/programs/。
10. 其它有关程序
10.1 ELISA标准曲线拟合程序 除了ELISA标准曲线拟合外，各种实验数据都可
以用CurveExpert进行分析。它使用非常方便，并且可以生成漂亮的曲线应用到论文之中
。最新版本：1.3。下载地址：http://www.ebicom.net/～dhyams/cvxpt.htm 。
10.2 Image Tool Image Tool 是一个免费的科学用途的图像处理与分析软件，
可以显示、编辑、分析、处理、压缩、打印灰度图形或彩色图形。可打开超过22中图像
格式。在生物领域，它的用途便是各种胶图的分析。只要有扫描仪，便能利用该软件完
成胶图的各种处理，包括注释、透光率扫描等工作。最新版本：2.0 beta。下载网址：h
ttp://ddsdx.uthscsa.edu/dig/itdesc.html。
以上软件均可在文章中注明的站点下载，也可以在我的个人网站——免费生物化学
软件天地（http://biosoft.yeah.net）下载。我的站点将不断推出我获得与查找到的最
新分子生物学免费软件，另外还提供了我所撰写整理的大量各种免费软件的中文使用说
明，肯定会对大家有很大帮助。我的Email地址为：tanjie@earthling.net。大家有任何
问题与建议，请与我联系。
作者单位：华北制药集团金坦生物技术开发有限公司, 石家庄市 050015
评论